在东南沿海，由于嘉靖帝的昏愦和权臣的误国，使得海防十分空虚，一些重要地段的士兵仅有原额的三分之一，战船十存一、二。致使日本海盗大举进犯。仅嘉靖三十一年（1552年）以后的三四年间，江浙军民被倭寇杀害的就有数十万人。所以，嘉靖在位的四十多年间，是东南沿海倭患最为严重的时期。虽然最后东南沿海的抗倭斗争取得了决定性的胜利，涌现了像戚继光、于大猷等著名抗倭将领，也不能抵消嘉靖的过失。