最大的弊端是政令不畅，陈应良以留守名誉颁布的各种法令政令，几乎很难得到如臂使指的执行，各级官员拖拉懈怠的情况十分，消极对抗陈应良的指挥命令，再加上元文都和段达也有意无意的捣乱使坏，故意以副留守的身份颁布与陈应良政令相反的命令，导致政令无法统一，即便有心做事的官员也无可适从，最终陈应良颁布的政令法规再好，出不了皇城、甚至出不了宫城，也是空余。