吴永上任伊始，便面临着义和团的问题。吴永是坚决反对义和团的，曾公开张贴布告，在他管辖的怀来县境，不得设立神坛，违者以左道惑众论。轻者打板子，重者杀头。为此，抓进县监狱的团众无数，监狱都快放不下了。本来吴永已基本将怀来的义和团运动镇压下去了，可是朝廷的命令来了——支持义和团！这下子局面颠倒了过来，义和团们将吴永抓起来，差点砍了他的脑袋。