除非真的爆发了大规模的动乱，帝国才会调动卫所军，而卫所军的调动，首先便需要中书省的决议，尔后经过枢密院批文，再由兵部下发调令，调令到得地方上，再由总督将调令传达给卫所军指挥使，由卫所军指挥使统一调度军队，调动卫所军的过程十分的繁琐，但这却正是皇帝陛下有心为之，调动军队的手续越繁琐，涉及的衙门越多，虽然会导致效率低下，却可以避免地方上拥兵自重。