东直门行刺事件立即被媒体披露了出来。该事件恶化了东南局势。秋瑾在上海与民党中枢的谈判旋即破裂，停留在上海之外静观局势的王明远第三师及叶延冰第六师第十八旅从南北两个方向向上海进逼。10月27日，孙文在发表与蒙山军抗争到底的宣言后携胡汉民、陈其美等骨干离开上海逃亡日本。他没有听陈其美先躲在租界观望局势的建议，或许认为租界并不安全，或许以为他在国内已经没有事情可做了。