依照淮东军司之前的架构，枢密院仍旧设水军、步军、马军三司以及粮械、战训、教习、律纪、军情、军医等监，曹子昂都将调回江宁来，以补充人手的不足，与秦承祖、高宗庭、宋浮、林梦得、孙敬轩、孙敬堂、王成服、孙文炳、胡致诚、朱艾、武继业等人一起，又将虞万杲的子侄虞文澄、虞文备征入枢密院任将职，将枢密院的体系撑起来。