奢家叛乱时，东闽镇军在三数月间或降或败，朝中紧急从两浙、江西调兵遣入闽作战，李卓是在当时担任副相的陈信伯的推荐下以江西按察副使的身份率领江西诸府军入闽作战的，诸军皆败，唯有李卓一路在邵武一线稳定战局。随后数年，又是在陈信伯的支持下，李卓以东闽按察使、宣抚使、江宁兵部侍郎、东闽总督等职衔、身份统领东闽战事，以极为不利的局面下，将奢家叛乱压迫回晋安、蕉城、泉州一线，一直到奢家归顺封候。