然而，世事不如他所愿，南朝相比北朝来说，资源和军力都太过于弱小了，经过了六十年当中多次战争攻防后，南朝的势力日渐衰退，再也难以抵抗室町幕府的攻击，最后终于南朝后龟山天皇把自己宣称是真货的三神器交还给了北朝天皇，结束了南北朝时代。当时的幕府将军足利义满也成为了源赖朝之后日本最有势力的武家长者。朝廷和公家对抗武家，也以最终的体面投降作为了终局。